Hola AndreaP79
Primero, tienes además que vaciar la papelera de cada cuenta de Mail.
Liberar espacio de almacenamiento para cuentas de correo electrónico en Mail en el Mac - Soporte técnico de Apple
Lo siguiente es desconectar las cuentas y volverlas a configurar.
Si ya lo has hecho, entonces puedes restaurar la aplicación.
La carpeta Mail se puede borrar y el Mac la generará otra vez de manera automática para volver a usarla de nuevo, pero vacía y completamente restaurada. Pero para eso tienes que tener cerrada completamente la aplicación Mail. Es decir, no basta con cerrarla con el botón rojo, hay que salir de la aplicación, ya sea desde Barra de menús-Mail-Salir de Mail o desde el Dock pulsando en el icono Mail-Salir.
Una vez hayas salido completamente de la aplicación, tienes que acceder a la Biblioteca oculta del Mac:
-Abre una ventana de Finder o pulsa sobre el escritorio del Mac y en la Barra de menús Finder-Ir, pulsa en Biblioteca (si no está visible, pulsa en Ir a la vez que pulsas la tecla Alt para que aparezca Biblioteca)
-Busca entonces la carpeta Mail en la Biblioteca y sácala al escritorio o renombrada para que no la reconozca (renómbrala, por ejemplo, MailOld).
-Ahora vuelve a abrir la aplicación Mail.
El Mac habrá generado de nuevo la carpeta que necesita para que la aplicación Mail funcione correctamente.
Ahora la aplicación estará restaurada y podrás configurar otra vez tus cuentas y cuando compruebes que todo funciona, puedes borrar la carpeta vieja que renombraste o moviste al escritorio. Esta acción, solo afecta a la aplicación del Mac. No borra los correos del servidor. Yo lo he hecho en varias ocasiones cuando la aplicación me ha dado problemas. Y ha funcionado perfectamente.
Aunque es una opción que soluciona y no es complicada, siempre puedes contactar con soporte para que te ayuden a hacerlo con seguridad
Mail - Soporte técnico oficial de Apple
Un saludo