Finalmente lo resolví, luego de actualizar a macOS Mojave seguí los siguientes pasos en Terminal para activar la indexación y volver reconstruirla.
"Lo primero que vamos a hacer es comprobar si Spotlight está encendido con el comando de Terminal (en Aplicaciones > Utilidades):
sudo mdutil -s /
Tras introducir la contraseña del administrador, recibiremos un mensaje si la indexación está encendida (enabled) o desactivada (disabled).
Si por lo que fuera está desactivada (disabled), podremos activar Spotlight usando el siguiente comando:
sudo mdutil -i on /
Y para forzar a Spotlight a que reconstruya el índice de la basa de datos, debemos borrar la base actual usando el comando:
sudo mdutil -E /
Una vez borrada la base de datos, Spotlight debería comenzar de nuevo la indexación en unos segundos, reindexando de nuevo el disco duro y dejando Spotlight listo para las búsquedas en unos minutos."
FUENTE: https://www.faq-mac.com/2011/07/cuando-spotlight-no-funciona-puedes-activarlo-de sde-el-terminal/
Saludos