Hola Tonikio
¿La notificación es para que actualices o es para que actives la autenticación de doble factor?
Pulsa en el icono de Configuración para ver a qué se refiere exactamente. Si es para actualizar y ya lo has hecho, puedes reiniciar el iPhone (apagar y encender pasados unos minutos) o forzar el reinicio a ver si desaparece.
Un saludo