Hola Hdeleon
A ver si en este enlace encuentras lo que necesitas
Lee libros y muchas cosas más con Apple Books - Soporte técnico de Apple
Cambiar los ajustes
Para controlar algunos ajustes de Apple Books en tu dispositivo iOS debes tener activado iCloud Drive: ve a Ajustes > [tu nombre] > iCloud y activa las opciones iCloud Drive y Libros.
Esto ya lo has hecho. Pasamos a la siguiente opción
Después, ve a Ajustes > Libros.
En Sincronización puedes cambiar ajustes como los siguientes:
- Activa Leyendo para sincronizar el progreso de lectura, el libro actual, las notas y los marcadores a través de tu cuenta de iCloud. Leyendo solo se sincroniza con otros dispositivos iOS, no con el Mac.
- Activa iCloud Drive para sincronizar PDF, EPUB y libros creados con iBooks Author que no hayas comprado en la Tienda y que añadieras a la biblioteca para todos tus dispositivos.

En Permitir a Libros acceder a, activa Datos móviles para transmitir libros mientras el iPhone o iPad está conectado a Internet mediante una conexión móvil y utilizando datos móviles.

¿Lo tienes configurado así y no funciona?
Cuéntanos si lo has solucionado.
Funciona igual en el iPhone, iPad, y iPod Touch
Un saludo