Si desconectas la fototeca del iPhone, las fotos y vídeos desaparecen, pero basta con que vuelvas a activarla para que se empiecen a sincronizar de nuevo. Siempre que tengas el mismo ID, espacio en iCloud y en el dispositivo, y wifi.
Si no la vuelves a activar, las fotos no solo desaparecen. Además las nuevas que hagas no se volverán a sincronizar con iCloud.
Las fotos que tenías antes de desconectarla, seguirán en la web (www.icloud.com) hasta que te quedes sin espacio en iCloud o las borres.
No sé si el fallo que tienes, es porque sigue sincronizando, aunque estén todos los archivos o si es un fallo y punto.
Si es un fallo, normalmente con reiniciar o forzar el reinicio se soluciona.
Si no así, o es fallo de iCloud que no se comunica bien con el dispositivo y entiende que sigue sincronizando, o es un fallo de la aplicación, que en este caso me parece más raro. Sobre todo si ya has reiniciado.
Puedes probar a forzar salida de la aplicación, si no lo has hecho ya o desactivar la fototeca y volverla a activar.
Incluso desactivar el wifi a ver si el proceso se detiene.
Cómo forzar el cierre de una app en el iPhone, iPad o iPod touch - Soporte técnico de Apple
Cuéntanos si lo solucionas. Por si se nos ocurre algo más.
Un saludo ivándemadrid