Hola,
Si hiciste copias de seguridad en iCloud se quedan en iCloud.
Pero si hiciste la copia de seguridad en el ordenador con el programa instalado y decides desinstalar iTunes, creo que sí dejarías de tener acceso a dicha copia de seguridad, aunque aparece en el siguiente artículo cómo buscarlas.
Acerca de las copias de seguridad para dispositivos iOS - Soporte técnico de Apple
Localizar las copias de seguridad del iPhone, iPad y iPod touch - Soporte técnico de Apple
Un saludo.