A veces terminas antes formateando el disco duro... son cientos de miles de ficheros y enlaces.
Prueba antes del terminal vaciar la papelera con la techa alt pulsada.
Si no, en el terminal el comando es "sudo rm -rf /ruta/" (sin las comillas) y te pedirá contraseña del administrador.
Para localizar la ruta el comando "ls -la" muestra todos los ficheros del directorio (ocultos también), la papelera se llama ".Trashes" y está en todos los discos externos.
La ruta a los discos duros conectados cuelga de /Volumes/... más o menos lo que debes hacer será algo así como:
"sudo rm -rf /Volumes/TimeMachineDisco/.Trashes/*" (sin las comillas). El /* final se refiere a que borrarás el contenido de la papelera y no la papelera en sí.
Cuidado con el comando "sudo rm -rf" que borra sin preguntar, con privilegios totales y borra muy rápido, una mala ruta, un espacio de más donde no debes y puedes borrar lo que no debes.
p.d. no me hago responsable de nada.