Yo también tengo el mismo problema con un Apple TV 3ª generación, y hay más usuarios en la misma situación. Ese problema ya está reportado a Apple pero no lo han resuelto con la última actualización.
Mientras no se resuelva puedes cambiar el audio manualmente, cada vez que inicies un capítulo o película, de la siguiente forma: mantén presionado el botón central de dentro del círculo del mando a distancia de aluminio hasta que te aparezca un cuadro de diálogo para cambiar subtítulos y audio. Esto lo tendrás que hacer cada vez, incluso después de una pausa.
Los mismos pasos sirven en Amazon Prime video para cambiar el audio.
A mi me funciona y espero que a ti también.
Saludos