Hola Alba y bienvenida a la Comunidad de soporte de Apple en español.
Siento mucho que pierdas la organización del Launchpad cada vez que enciendas el Mac. Eso sería terrible para mí. Si todavía buscas una respuesta, la Comunidad de Apple te ayudará sin problema.
En primer lugar, te recomiendo averiguar si el comportamiento sigue con el modo seguro: el modo seguro es una manera de iniciar un Mac para que realice determinadas comprobaciones y impida que algunos componentes de software se carguen o se abran automáticamente.
También, te puedo aconsejar utilizar otra cuenta de usuario en tu Mac y iniciar sesión en esta cuenta (tiene que ser administrador).
Vuelve a indicarnos como resultaron las dos pruebas. Estoy seguro de que nos ayudará mucho y ayudará a mucha gente también.
Saludos.