Hola kateru,
Gracias por visitar las Comunidades de soporte de Apple en español.
Si tu ApplePencil no funciona después de haberlo tenido en la carga por un buen tiempo, te recomiendo si es posible actualizar tu iPad a la versión de iPadOS 13.6:
Actualizar el iPhone, iPad o iPod touch
Después de esos pasos, puedes remover y volver a sincronizar tu Apple Pencil con tu iPad:
Usar Apple Pencil con tu iPad o iPad Pro
Si tu Apple Pencil no se enlaza con tu iPad
Asegúrate de centrar tu Apple Pencil sobre el conector magnético en el lateral derecho del iPad.
Reinicia el iPad e intenta enlazarlo otra vez.
Ve a Configuración > Bluetooth y asegúrate de que esté activado.
En la misma pantalla, busca el Apple Pencil en Mis dispositivos. Si lo ves, toca
. Luego, toca Olvidar este dispositivo.
Conecta el Apple Pencil en tu iPad y toca el botón Enlazar cuando aparezca después de unos segundos.
Si no ves el botón Enlazar, espera un minuto mientras el Apple Pencil se carga. Luego, intenta volver a conectar el Apple Pencil y espera hasta que veas el botón Enlazar.
Si sigues sin poder ver el botón Enlazar, comunícate con el Soporte técnico de Apple.

También te recomiendo restaurar tu iPad desde iTunes, lo cual no sólo restaura tu iPad Pro a la configuración de fábrica, si no también instala iOS de nuevo vía iTunes. Este paso nos ayudará a verificar que el problema no esté relacionado con el software de tu dispositivo.
Si el problema persiste, puedes hacer una copia de seguridad, si tienes información que te gustaría guardar:
Realizar una copia de seguridad de tu iPhone, iPad o iPod touch
Después has los pasos en este enlace:
Restaurar tu iPhone, iPad o iPod a la configuración de fábrica
Usa tu dispositivo como nuevo y revisa si el problema persiste, ya que esto te enseñara si el problema era solo de la versión del software que tenías en tu iPad.
Déjanos saber tus resultados. Será un placer ayudarte.
Un saludo cordial.