Buenas
Los discos duros externos están pensados para dos fines principalmente, uno seria para sus copias de seguridad mediante la herramienta Time Machine y dedicados en exclusiva a este fin y el otro seria para salvaguardar sus archivos individuales y mas preciados en este como copia por si hubiera un problema en el principal, de esta manera tendría copia de estos.-
No puede usar un disco duro en el caso de que no tenga espacio en el principal para que la actualización pase a este, ya que esta requiere de espacio en el disco principal donde esta instalado el OS.-
Podría ayudarle este link con el tema de Cómo liberar espacio de almacenamiento en el Mac
Saludos