Hola ivan96!!
Al borrar una app, el sistema te pregunta si quieres borrar solo la app o también los datos que contiene. Pero también hay que tener en cuenta si la app guarda datos en la copia de seguridad de iCloud. Para ello, ve a los Ajustes del iPhone, tu ID, iCloud, Gestionar almacenamiento, Copias, Este iPhone. Ahí aparecerá el listado de apps que guardan datos en iCloud. Desactiva la app deseada y haz una nueva copia de seguridad del iPhone en iCloud. Así, la copia anterior con datos de esa app quedará sobre escrita por la nueva copia que no contendrá los datos de esa app que has desactivado.
Ya nos contarás qué tal te ha ido.
Saludos!!