Seguro que hay algo más que se puede hacer pero el problema es saber qué.
He encontrado un blog que recopila problemas con mensajes desaparecidos al trasladarlos, empezó en Catalina pero, también sigue en Big Sur:
https://mjtsai.com/blog/2019/10/11/mail-data-loss-in-macos-10-15/
Parece que depende del tipo de cuenta, y que no sucede en el correo iCloud. Algunas personas perdieron miles de correos al actualizar. Y que trasladar correos entre distintas cuentas puede hacer que no solo se pierdan en el mac, sino que se borren del servidor de correo. Pero no apuntan a una solución.