Yo también tengo un MacBook Pro 13 retina 12,1 con un i7 3,1GHz del año 2016 y me sale el mismo mensaje, cambie mi SSD original de 128GB por uno de 1TB de marca distinta. Entiendo que como se puede cambiar el dispositivo (no esta soldado a la placa) puedes comprar uno que no es de Apple y usarlo. Al igual que cuando se rompa un cable que usas u otro dispositivo, etc.
Imagino que si todos tenemos el mismo problema no será porque hayamos montado un dispositivo de terceros, de ser así el próximo portátil que compre sera uno chino, porque de nada merece comprar algo que encima te obliguen a usar sus recambios originales, es como si te compras un coche y siempre tienes que ir a Audi a repararlo y montarle piezas Audi, cuando ni siquiera Audi fabrica todas las piezas, los faros son "Valeo","hella", etc.