Hola S_o_n_i_a:
Yo soy usuario de la app Musica (en MAC) o iTunes (PC) y no tengo ese problema. Uso este programa para ordenar mi biblioteca musical con listas inteligentes desde hace años y no he tenido ningún problema, ni con formatos MP3 ni con M4A.
Te recomiendo revisar en las opciones de configuración de iTunes (PC) como tienes configurada la biblioteca. Te puedes guiar de este ejemplo:
La opción que te marco de "eliminar cache" no elimina tu biblioteca ni tus archivos, solo elimina la cache que va almacenando la app para "mejorar" la experiencia de usuario, es decir, puede que una vez que hagas ese proceso notes que iTunes te va un poco más lento.
No obstante, revisaté los manuales que te comento Susana_P antes de nada.
Un saludo.