Hola Erebus,
No recomendaría intentar eliminar una app del sistema, puesto que esto podría llegar a ocasionar otros problemas en lugar de resolverlos. Sobre el problema que nos describes, es probable que se trate de un bug de macOS Monterey, ya que he leído varios reportes de diferentes usuarios con situaciones similares, incluso de forma contraria, algunos usuarios queriendo activar la opción de Descargas automáticas, pero con esta volviendo a desactivarse tras cerrar la ventana de Preferencias.
Si tu Mac se encuentra actualizada y si se confirma que esta situación se tratase de un bug de macOS Monterey, temo que habría que esperar a que una futura actualización pudiera resolver este problema. Si bien podría recomendarte entonces el reportar este problema directamente a Apple a través de su portal de Feedback: Apple Product Feedback - macOS, también me gustaría recomendarte el probar de nuevo tras restablecer los ajustes de la NVRAM de tu Mac, si cuenta con procesador Intel, así como revisar si esto ocurre también al usar otra cuenta de usuario, o bien, mientras usas el modo seguro de tu Mac. Si el problema continúa, incluso puedes considerar reinstalar macOS, siendo recomendable realizar antes un respaldo de tu información importante.
Recibe un cordial saludo Erebus.