Depende de a qué llames “cuenta”… ¿Cuenta de Apple (antes AppleID) o cuenta de email asociada al mismo?
Si creas un nuevo AppleID (ahora “Cuenta de Apple”), tendrás dos AppleID independientes, cada uno con su nube de iCloud independiente, por lo que lo que hagas en una de las cuentas no afectará a la otra… perooooo…
Si NO creas un nuevo AppleID, sino que sólo cambias el email principal asociado al mismo, entonces simplemente estarás usando un email nuevo para logarte en la misma “Cuenta de Apple / AppleID” que ya tenías antes… por lo que las fotos, documentos, contactos y todo lo que borres, se eliminará de tu “Cuenta de Apple” (ya estés logado con tu email anterior o con el nuevo, ya que ambos están asociados a la misma “Cuenta de Apple / AppleID”).
Espero haberme explicado bien.