Ola.
Espero que isso seja um Bug do SO pois se for Defeito do Toch ID não tem como reverte pois o Touch ID e destinado para a placa Mae referente ao mesmo aparelho ou seja não tem como compra outro Touch ID e substitui são pecas Únicas. mas você descreve que isso aconteceu depois de uma atualização. vamos la acho que da pra reverte isso.
faz um Beckap via iCloud e coloque seu iPhone em DFU para efetua uma instalação limpa ok, segue tutorial passo a passo.
link
caso o problema continue entre em contato com o 0800 da apple e informe o problema pois ate hoje nunca vi um Touch ID Apple apresenta problema.