Oi goncalo,
Veja esse link sobre problemas ao carregar Se o iPhone, iPad ou iPod touch não carregar - Suporte Apple
Mas esse seu problema parece ser bem particular, ele não se encaixa muito bem nas descrições dos problema comuns com relação a bateria, se eu fosse você tentaria primeiro testar outro carregador (original e compatível), posteriormente tentaria fazer uma restauração do aparelho do zero (Restaurar o seu iPhone, iPad ou iPod para as definições de fábrica - Suporte Apple), se não resolver mesmo assim, o próximo passo seria levar numa assistência técnica.
Autorizadas Apple Brasil-> https://locate.apple.com/br/pt/
Autorizadas Apple Portugal-> https://locate.apple.com/pt/pt/
Boa sorte