Olá RicardoBella, tudo bem?
Segue link para auxiliar:
https://support.apple.com/pt-br/HT202235
Caso os apps informados não estejam mais disponíveis na pasta aplicativos e no dock para exclusão, você pode verificar na pasta biblioteca no finder para localizar pastas a serem excluídas, caso você não use mais o parallels com o windows, pode buscar uma pasta parallels, por exemplo, e pastas referente ao windows ou office e excluir, ok?
Para acessar a biblioteca use o caminho: Finder > go (ir) > e mantenha pressionado a tecla option >deve aparecer a opção biblioteca, visto que ela fica oculta, clique >Biblioteca, para acessar a biblioteca.
Caso tenha resíduos de arquivos do parallels, ou pacote office e até mesmo windows a serem excluidos, deve haver pastas com os nomes office, parallels, e windows.
Exclua e faça os testes ok?
Depois de excluir sugiro reparar o disco do seu mac seguindo o link abaixo:
https://support.apple.com/pt-br/guide/disk-utility/dskutl1040/mac
**Respondendo á sua dúvida sobre apagar apps nativos do mac como mail, facetime, etc...
Não é permitido apagar apps nativos do mac e não é recomendado apagar tais apps, pois os apps no mac são desenvolvidos para serem integrados e se comunicarem entre si e com todos seus dispositivos apple, apagá-los poderá causar mal funcionamento e sérios danos ao funcionamento do seu mac.
claro que ao acessar a biblioteca você vai encontrar pastas desses apps nativos que citei acima, apps nativos como facetime,mail, entre outros, porém eu não recomendo apagar mesmo que você não utilize,evitando danos ao funcionamento do seu mac ou apagar arquivos importantes.
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Espero ter ajudado
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JailtonMM