Ola Rafael,
Obrigado pela resposta!
Eu fiz mais análises hoje cedo, e vi que os problemas se repetiram. Mesmo eu dando reboot. O computador meio 'empacado' em alguns itens, enquanto outros itens funcionando normalmente.
Sem querer, passei o mouse por alguns ícones no topo da tela (onde fica o volume, wi-fi, etc), e lá eu percebi que em um ícone específico (o app Backblaze, que faz os backups de meus HDs), o mouse mudava para a bola de arco íris. Só neste ícone.
Aí eu entrei no Settings/Configurações e na área de Security & Privacy, e em 'Full Disk Access'. Lá eu percebi que vários aplicativos estavam sem acesso de escrita em disco, inclusive este do BackBlaze. Habilitei o acesso e tudo voltou a funcionar bem.
Resumo: O Big Sur tem alguns itens de segurança que pergunta ao usuário se aplicativos abertos podem fazer x, y ou z. No caso de aplicativos que rodam em background (nos bastidores), ele não chega a fazer a pergunta, porque supostamente estes aplicativos não são abertos por ação do usuário, mas em tempo de boot. E provavelmente por conta disso acabam perdendo alguns acessos ao sistema, e isso pode ter causado estes 'empacamentos' no sistema, o app no background tentando acessar, o sistema não deixando, e a performance cai, apps ficam parados.
Caso estes problemas voltem a acontecer (mesmo após as alterações que fiz), aviso a todos aqui. Até o momento, tudo OK.
Novamente obrigado.