Talvez esteja confundindo os tipo de armazenamento do iCloud e do aparelho. Primeiro vamos garantir que tenha em mente que são coisas separadas Qual a diferença entre armazenamento do dispositivo e armazenamento do iCloud? - Suporte da Apple (BR)
Em resumo, praticamente tudo que não é da Apple utiliza armazenamento do aparelho e somente dele. Há aplicativos como o WhatsApp que possuem ferramenta interna de backup, que copia o conteúdo para o iCloud, mas copia, não utiliza o iCloud como base, ou seja, o banco de dados dele continua armazenado no aparelho e vai crescendo conforme você recebe mensagens e mídias.
O armazenamento do iCloud é utilizado de certa maneira como base de dados somente para os serviços da Apple, como o Fotos do iCloud. Neste caso as imagens são armazenadas no iCloud e no iPhone apenas verá amostras dela. O principal intuito do iCloud é manter a sincronia entre os vários aparelhos Apple conectados com o mesmo ID, ou seja, se você executar uma ação em um aparelho, a ação será replicada nos outros, como, por exemplo, a exclusão de uma foto.
No caso de Fotos, é possível armazenar as imagens originais também no aparelho, ou otimizar o armazenamento para que elas fiquem todas no iCloud e o espaço no aparelho seja liberado. Veja Gerenciar o armazenamento de fotos e vídeos - Suporte da Apple (BR)
Para isto funcionar, certifique-se de que o Fotos do iCloud está ativado Configurar e usar o Fotos do iCloud - Suporte da Apple (BR)
Caso esteja ativado e as fotos não estejam sendo carregadas no iCloud, faça:
Não apague nenhum dado do aparelho ao encerrar a sessão.