Olá.
Entendo que possa ter associado o problema ao ID Apple, no entanto isso tecnicamente não seria possível. O ID Apple fornece parâmetros operacionais apenas para os recursos da Apple em seu iPhone. Não existiria portanto a possibilidade da conta da Apple afetar um app de terceiros.
Insisto na orientação de contatar o suporte do WhatsApp.
O que poderia justificar a solução que você encontrou seria o backup do WhatsApp, este sim está associado ao iCloud. Caso o backup tenha armazenado alguma informação que possa “congelar” o app, isso pode ocorrer após usar este mesmo backup.
Novamente, nesse cenário seria prudente entrar em contato com o WhatsApp, não com a Apple.
Imagine que você está estudando em uma universidade e esta lhe fornece armários para guardar as suas coisas. As coisas guardadas, a organização e a integridade dos itens guardados é responsabilidade de quem os guardou (WhatsApp), não da universidade (Apple), a não ser que algo tenha acontecido com esses armários (iCloud).
Claro, isso é uma orientação com base na minha experiência como usuário. Você pode entrar em contato com a Apple e receber uma resposta parecida, ou não. :)