Opa, boa tarde, estou aqui para te dar algumas dicas do que fazer nessa sua situação.
Se suspeita que seu ID Apple esteja comprometido faça a verificação de segurança seguindo Ajustes > Privacidade e Segurança > Verificação de Segurança Como a Verificação de Segurança no iPhone funciona para manter a sua segurança - Suporte da Apple (BR)
Quanto ao WhatsApp você precisará perguntar para eles https://www.whatsapp.com/contact/noclient?lang=pt_br
Se fosse o seu iPhone que estivesse impendindo os contatos da agenda, seria por falta de permissão dentro dos ajustes > WhatsApp > contatos, mas como o seu caso o WhatsApp tem os contatos, e os seus contatos não vão para a agenda, tem que perguntar pra eles o que está acontecendo.
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