Olá Deivid,
Eu não sei como que você está tranferindo dados do WhatsApp para o iMessage/Mensagens no iPhone, considerando que:
iMessages são textos, fotos ou vídeos que você envia para outro iPhone, iPad, iPod touch ou Mac por meio das redes Wi-Fi ou celular. Essas mensagens são sempre criptografadas e aparecem em balões de texto azuis. Para ativar ou desativar o iMessage, acesse Ajustes > Mensagens.
Considerando essa informacao contida no artigo HT207006 conseguimos saber o que é o app e como ele funciona.
Aqui no Brasil, por não ter muitos usuários do sistema da Apple fica difícil até mesmo de ter contato com outras pessoas pelo iMessage que não possuam o sistema, pois ela receberão as mensagens como SMS.
Sobre a união dos dois sistemas em um só, não sei se em algum momento será feito.