Primeiro entre em contato com o comerciante que é mostrado ao abrir o histórico de transações do Apple Pay e depois entre em contato com o emissor do cartão.
Para comprarem usando seu Apple Pay, seria necessário que tivessem acesso ao seu ID Apple e senha em um dispositivo Apple com o cadastramento do seu cartão e dessa forma, seria possível que fizessem uma compra, ou seja, quase impossível.
Sugiro checar com pessoas próximas de você se não pegaram seu iPhone enquanto estava dormindo, desbloquearam com seu código e fizeram a compra também com o código.