Eu estava passando pelo mesmo problema. Fiquei mais de um mês sem conseguir fazer o backup do WhatsApp, que me dizia que eu não tinha espaço suficiente no iPhone e que precisava liberar -51.845.452 KB. Eu tinha espaço tanto no próprio iPhone, quanto no iCloud.
Fiz o backup no iCloud, verifiquei que o WhatsApp constava no backup com cerca de 30GB e comecei a fazer o offload de alguns aplicativos. Infelizmente, fiz isso também com o WhatsApp. Quando o aplicativo foi instalado novamente, tive que inserir minhas credenciais (que não haviam mudado) e, na hora de selecionar o backup, eu recebia a mensagem de que foi feito contato com o iCloud, mas não havia backup. Moral da história: perdi todas as minhas conversas. Refiz o procedimento algumas vezes e tentei algumas dicas que encontrei em outros fóruns na Internet, mas sem sucesso.
Ainda sei ao como resolver esse problema de insuficiência de espaço para backup do WhatsApp (já aconteceu isso outra vez, com outro iOS), mas não caia na tentação de desinstalar e instalar novamente o WhatsApp antes de resolvê-lo.