Boa noite, Marceloc!
Cara, até entendo a frustração que você tá, mas eu acho que foi mais pelo jeito que te passaram a informação que te deu essa impressão negativa.
Quando você compra o produto, você tem 1 ano de garantia de hardware (Isso pra qualquer eletrônico, se não me engano, não só na Apple). Se passou desse 1 ano o reparo de hardware, caso necessário, é pago.
Os procedimentos que tentaram com você, inclusive a restauração, são pra eliminar qualquer possível problema de software no aparelho e evitar gastos desnecessários. Como você fez até a restauração e não resolveu, pode-se eliminar a possibilidade de um erro de software porque, na restauração em modo de recuperação (que é feita dando um hard-reset com o aparelho conectado ao iTunes) o seu iOS é apagado do aparelho e baixado novamente. O que restou, foi dano de hardware.
É compreensível a associação que você fez entre a atualização e o problema no botão, mas a atualização, na realidade, só evidenciou um problema de hardware que já estava ali, latente; mais cedo ou mais tarde, isso iria se manifestar.
A questão da tela ser integrada ao botão é verdade, mas você não precisaria pagar por cada botão caso os outros tivessem sido danificados também. Esse valor que te informaram é o valor máximo de reparo pro seu aparelho e é o preço praticado por essa autorizada. Você também tem a opção de enviar o aparelho para a própria Apple, por correio, ligando no suporte técnico, e eles devolvem o aparelho pra você por remessa. Quando você envia o aparelho é cobrado um valor cheio de reparo, que no caso do seu iPhone 6 é R$ 1499, mas se na hora os técnicos constatarem somente dano de tela - sem qualquer prejuízo a outro componente interno - o valor é bem menor, cara - fica R$ 599. E é provável, que troquem o aparelho por um novo. Dá uma ligada no suporte técnico pra que te expliquem melhor essa parte.
Mas o importante de você entender é que não foi a atualização, em si, que causou o dano no aparelho. Ela, simplesmente, trouxe à tona uma situação que era, na verdade, uma "bomba-relógio".
Dá uma olhada nesse link pra confirmar os valores que eu citei ali em cima:
https://support.apple.com/pt-br/iphone/repair/service/pricing