Hallo guido226,
eine Möglichkeit der selektiven Speicherung gibt es leider nicht.
Was passiert, wenn Du die Duplikate löschst, findest Du hier:
Um Fotos oder Videos zu löschen, entfernen Sie sie einfach in der App "Fotos" auf Ihrem iPhone, iPad, iPod touch oder Mac und auf iCloud.com.
Wenn Sie Fotos und Videos von Ihrem Apple-Gerät oder auf iCloud.com löschen, bleiben sie auf Ihrem PC trotzdem vorhanden. Wenn Sie umgekehrt Fotos oder Videos auf Ihrem PC löschen, bleiben sie in iCloud-Fotos vorhanden.
aus: Unterstützung zu iCloud Fotos auf Ihrem Windows-PC erhalten - Apple Support
Ich hoffe, das bringt etwas Licht ins Dunkel!