Hast du noch eine backup Kopie der Fotosmediathek im Time Machine backup, aus der Zeit, bevor das Problem zuerst aufgetreten ist? Dann stelle die Mediathek aus dem backup wieder her. Du hast nichts über dein externes Laufwerk gesagt. Es muss so vorbereitet sein, wie hier beschrieben: Deine Fotos-Mediathek verschieben, um Speicherplatz auf dem Mac zu sparen - Apple Support (DE)
Ich selbst habe Foto Cleaner nie getestet, aber bei anderen Duplikatefindern, die ich getestet habe, die die Mediathek direkt modifiziert haben, liess sich der Schaden nicht mehr reparieren. Da blieb nur, die Mediathek neu aufzubauen, indem man alle Fotos in eine neue Mediathek importiert hat.