Es ist durchaus möglich, dass das am Eingangsserver des Providers liegt. Mail schickt ja nur eine entsprechende Anfrage an den Server. Wie der damit umgeht, kann die App (logischerweise) nicht beeinflussen. Möglicherweise gibt es ja konkurrierende Servereinstellungen, die ein Löschen verhindern.
Ich frage mich, warum hier jedes kleine Problemchen, das man mit etwas Nachdenken oder in der Diskussion hier im Forum lösen kann, sofort in "daran ist Apple Schuld" oder "erwarte ich von einem x000€-Gerät" endet oder gleich damit anfängt. Versucht bei solchen - wirklich nicht lebensbedrohlichen - Fehlern doch einfach mal ruhig zu bleiben und die Diskussion hier abzuwarten.
Bei mir funktionieren (oder besser funktionierten, hab aktuell keine mehr) POP3-Accounts alle sehr zuverlässig. Zeitgemäss sind sie allerdings nicht mehr wirklich.