Hola aplum,
Gracias por visitar las Comunidades de soporte de Apple en español.
Si bien entiendo, no puedes encontrar archivos en tu Mac y ya has tratado los pasos para reconstruir la indexación de Spotlight pero el problema persiste.
Aunque nos comentas que has tratado los pasos para reconstruir la indexación, quiero asegurarme que has seguido los pasos acorde al artículo de soporte:
Cómo reconstruir la indexación de Spotlight en tu Mac
Si el problema persiste, puedo sugerirte que entres en Modo Seguro primero para ver si el problema persiste, y después en nuevo usuario de prueba y añade algunos archivos para poder ver si el problema es solamente de la cuenta de usuario que estas usando en este momento:
Usar el modo seguro para identificar problemas con la Mac
Cómo probar un problema en otra cuenta de usuario en tu Mac
Te invito a que compartas tus resultados con nosotros, al igual de cualquier otra duda que tengas.
Un saludo cordial.