Hola Kapax,
Si no fuera mucha molestia, me gustaría preguntarte si podrías compartir con nosotros más información sobre tu Mac, su modelo y cuál versión de macOS Mojave tiene instalado, si el problema lo notaste luego de realizar alguna actualización de macOS, así como si el problema con los tipos de letra solo se ha presentado al hacer la validación de estos en el Catálogo Tipográfico o si se presentó mientras usabas alguna otra aplicación.
Los tipos de fuente que mencionas, PingFang, PT Sans, PT Mono y Plantagenet Cherokee, corresponden a algunos de los que vienen incluidos en el sistema (Tipos de letra incluidos en macOS Mojave), por lo que no es posible eliminarlos o desactivarlos. Ahora bien, es posible restaurarlos usando el propio Catálogo Tipográfico. Para ello, elige el menú Archivo y en el selecciona la opción "Restaurar tipos de letra estándar". OJO, al hacer esto todos los tipos de letra que hayas instalado por tu cuenta se moverán de ubicación, lo que hará que no estén disponibles en tus aplicaciones. Si deseas volver a instalarlos, la carpeta a la que se moverán es /Librería/Tipos de letra (eliminados), o en ~/Librería/Tipos de letra (eliminados). La carpeta ~/Librería/ es una carpeta del sistema que se encuentra oculta, para acceder a ella puedes hacerlo al abrir una ventana del Finder y seleccionar el menú Ir mientras mantienes presionada la tecla Option en tu teclado (Restaurar los tipos de letra que venían instalados en la Mac usando Catálogo Tipográfico - Soporte técnico de Apple).
Si el problema continua, prueba en arrancar tu MacBook Pro usando su modo seguro (Usar el modo seguro para identificar problemas con la Mac - Soporte técnico de Apple), para que, luego de iniciar sesión, volver al modo normal reiniciando la Mac.
Espero que esta información te resulte de utilidad Kapax, por favor, mantennos informados sobre tus avances. Recuerda que también puedes contactar al soporte técnico de Apple para recibir una mejor asesoría.
Saludos.